Plateau de Génomique et Transcriptomique

Mise en place en 2017 pour coordonner les analyses NGS à l’échelle du centre, la plateforme de génomique et transcriptomique assiste les équipes dans leurs projets reposant sur des approches RNAseq, ChIPseq ou ATACseq. Forte de son savoir-faire et de son parc d’équipements, elle intervient en amont et en aval de l’activité de séquençage, du design expérimental à l’analyse bioinformatique.

L'équipe
Responsable technique : Manuel LEBEURRIER (IE Inserm)

L’activité

L’activité de la plateforme concerne principalement des données issues d’expériences de RNAseq, ChIPseq ou ATACseq. Des pipelines dédiés au traitement de ces données ont été développés et déployés sur les serveurs du Genotoul avec qui la plateforme collabore activement. La plateforme réalise également des analyses de polymorphismes à l’échelle du nucléotide (SNP), par insertion/délétion (InDel), ou par variation du nombre de copies d’un gène (CNV). Elle a aussi mis en place des outils permettant la détection de fusions de gènes et les analyses de liaison ou d’association.

Les formations

La plateforme a également pour mission de diffuser son savoir-faire et ses connaissances par le biais de formations régulières sur des thématiques appartenant aux domaines de la bioinformatique, de la biostatistique et de l’informatique. Des ateliers ont déjà été réalisés sur les sujets suivants :

NGS

  • Les NGS : L’histoire des générations d’hier à celles de demain
  • Analyse RNAseq : théorie et concepts de l’expression différentielle de gènes
  • Introduction à Galaxy : analyse de l’expression différentielle de gènes
  • Découverte des lignes de commandes et du système d’exploitation Linux
  • Introduction aux bases de données publiques

 

R

  • Introduction à R
  • Théorie des tests avec R
  • Le package DESEQ2 : analyse de l’expression différentielle de gènes
  • Le package mixomics : focus sur l’ACP et la PLSDA
  • Le package ggPubR : des figures prêtes pour la publication
  • Clustering et classification : des k-means à t-SNE

Le fonctionnement

Afin de répondre au mieux et dans les meilleurs délais aux besoins des équipes du centre, deux modalités de fonctionnement ont été mises en place :

Réalisation intégrale d’un projet par la plateforme

  1. Le client renseigne une fiche projet décrivant le contexte de l’étude, la question scientifique posée, et les moyens envisagés pour y répondre.
  2. En fonction des contraintes inhérentes au projet, la plateforme propose un design expérimental et des méthodologies permettant de répondre à la question posée. Les détails techniques de l’expérience ne sont arrêtés et renseignés dans une fiche technique qu’après accord du client et du bioinformaticien qui s’assure à ce stade qu’aucun détail n’interfera par la suite avec l’analyse des données.
  3. En accord avec les besoins du client, la plateforme réalise une fiche d’analyse décrivant toutes les étapes nécessaires qui permettront de transformer les données brutes en livrables. Cette fiche précisera la date de début et la durée de l’analyse ainsi que la date de rendu des résultats. Il détaillera les livrables qui seront fournis au client.
  4. Un devis est émis par la plateforme. Après signature, le projet est ajouté au planning.
  5. Le personnel de la plateforme réalise la partie « wet » du projet en coordination avec les membres de l’équipe demandeuse. Une fiche librairie exposant les contrôles qualité réalisés est renseignée et transmise à l’équipe demandeuse et au bioinformaticien.
  6. Une fois les données séquencées, l’analyse bioinformatique est réalisée et les livrables sont mis à disposition du client. Enfin une attestation de rendu de résultats est signée par le responsable de l’équipe demandeuse et retournée à la plateforme.

 

Réalisation partielle de projet ou suivi de projet réalisé par l’équipe demandeuse

Selon les compétences de l’équipe demandeuse, la plateforme peut n’intervenir que sur une partie du projet. Dans ce cas-là, il est néanmoins nécessaire que les fiches projet, technique et librairie soient renseignées afin que le personnel de la plateforme puisse s’assurer de la cohérence des méthodologies mises en œuvre. Si l’équipe demandeuse prend en charge une partie du projet, son responsable assume la responsabilité de sa bonne réalisation. Cette responsabilité inclut le cas échéant l’obligation de transmettre les informations de contrôle qualité à la plateforme. Ceci permettra à la plateforme de suivre l’évolution du projet ainsi que de valider les résultats des analyses aux différentes étapes clefs.

Les équipements

Les instruments

  • Bionanalyseur Agilent 2100
  • Sonicateur Covaris M220
  • Sonicateur Diagenode Bioruptor Pico
  • Appareil PCR en temps réel Roche LightCycler 480
Les logiciels

 

  • IPA (Quiagen)

 

Réservation

Autres informations


Le comité de pilotage
  • Anne Dejean (CR INSERM)
  • Véronique Adoue (CR CNRS)
  • José Enrique Méjia (CR INSERM)
  • Nicolas Blanchard (CR1 Inserm)
  • Olivier Joffre (MCU UPS)
Publications
CNRS

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Inserm

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UT3

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TRI-Genotoul

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